选配是选种的继续，目的是为了巩固和发展选种的效果，加强和创造人们所希望的性状，消除或减弱其弱点。驴的选配方法主要有以下3种。
一、驴的品质选配
即是根据公母驴本身的性状和品质进行选配。它可分为同质选配和异质选配。同质选配就是选择优点相同的公母驴交配，目的在于巩固和发展双亲的优良品质。而异质选配则有两种情况：一是选择具有不同优良性状的公母驴挛配，企图将两个性状组合在一起；二是选同一性状优劣程度不同的公母驴交配，以期改进不良性状。
驴的等级选配也属于品质选配。公驴的等级一定要高于母驴的等级。
二、驴的亲缘选配
是指考虑到双方亲缘关系远近的交配。如父母到共同祖先的代数之和小于6，称之为近交。相应的父母到共同祖先代数之和大于14，则称之为远交。近交往往在固定优良性状，揭露有害基因，保持优良血统和提高全群同质性方面起着很大作用。但为了防止近交造成的繁殖力、生活力下降等近交危害，需要在利用近交选配手段时，注意严格淘汰，加强饲养管理和血液更新。一旦由于近交发生了问题，需要很长时间才能得到纠正，因此对驴施行近交要慎之又慎。
三、驴的综合选配
即根据多项指标来进行选配。其指标与综合选种是一致的。
(一)按血统采源选配 要根据系谱，查明亲属利用结果，了解不同血统来源驴的特点和它们的亲和力，然后进行选配。亲缘选配，除建立品系时应用，一般都不采用，当发现不良后果时，应立即停止。
(二)按体质外貌选配 对理想的体质外貌，可采用同质选配。对不同部位的理想结构，要用异质选配，使其不同优点结合起来。对选配双方的不同缺点，要用对方相应的优点来改进；有相同缺点的驴，决不可选配。
(三)按体尺类型选配 对体尺类型符合要求的母驴采用同质选配，巩固和完善其理想类型。对未达到品种要求的母驴，可采用异质选配，如体格小，就选配体格较大的公驴。
(四)按生产性能选配 如驮力大的公母驴同质选配，可得到驮力更大的后代。屠宰率高的公母驴同质选配，后代屠宰率会更高。同时，公驴比母驴屠宰率高，异质选配后代的屠宰率也会比母驴高。
(五)按后裔品质选配 对已获得良好驴驹的选配，其父母配对应继续保持不变。对公母驴选配不合适的，可另行选配，但要分析其具体原因。
不论采用何种选配，都要注意年龄选配，一般是壮龄配壮龄，壮龄配青年，壮龄配老龄。青、老年公母驴之间都不应互相交配